Resident Evil Zero inizia nel Luglio del 1998, esattamente un giorno prima degli eventi narrati in Resident Evil. Segue la strana successione di omicidi sulle montagne Arkley (che si trovano appena fuori Raccoon City). In quell'anno la polizia locale mand≥ sei mebri del corpo speciale S.T.A.R.S. tra i quali c'era anche Rebecca, una giovane ragazza al suo primo incarico. Una volta arrivati sul posto, vedono un treno deragliare dai binari e finire contro la boscaglia. Un vagone esplode e a quel punto decidono di andare a controllare dividendosi in due gruppi. Nessuno di loro si aspettava di incontrare zombie o mostri simili in quel treno......invece sarα proprio tra quei vagoni che il team vivrα la peggiore missione della sua storia.