画像ウィンドウからPNGで保存しようとすると、ダイアログが出て、保存条件を指定することができます。これでいいと思ったら「次へ」をクリックしてください。
画像の中で、ここで選んだ色がついている部分は表示されずに切り抜かれ、後ろの背景が表示されます。
最初は画像のいちばん左上の色となっています。透過色ボタンをクリックすると、スポイトモードに入ります。マウスカーソルの形がスポイトになり、この状態で画像の上でクリックすると、クリックした点の色が拾えます。
「透過色」のチェックボックスをオフにすると、透過色は指定しないことになります。スポイトで色を拾うと、自動的にこのチェックはオンになります。
Internet Explorerの一部では、256色(8bit)の画像以外は透過色が有効にならないというバグ（仕様？）があるようです。24bit画像などで透過色を設定しても意味がないことがあるので注意してください。
JPEG保存条件のプログレッシブJPEGに似ています。
ここをチェックして保存すると、できたPNG画像は、Webブラウザ上でじわじわと表示されます。最初は粗くおおまかな絵が出て、次第に細部まで表示されていきます。
Webページの画像用によいでしょう。対応してないソフトもまだあるようですので注意してください。
１～９で圧縮レベルが指定できます。一般的には、小さい数の方が高速に保存し、大きい数だと圧縮率が高くなります。（実験したところでは、稀に圧縮レベル９のときより、１の方が圧縮率が高いときもありました）
圧縮率の変化はせいぜい１～２割程度のようです。