初回起動時には，自動的に新規プロジェクトの作成が行われます。この際，名前とパスを指定するだけでかまいません(他の設定は，後で行えます)。
プロジェクトを編集するには，タスクトレイのアイコンを左ダブルクリック，もしくは右クリックのメニューから「プロジェクト編集」を選択します。ここで表示されたプロジェクト編集画面で，全てのプロジェクトの編集が行えます。
新たに新規プロジェクトを追加するには，ここで [ファイル]-[新規プロジェクト] を選択すると，新規プロジェクト作成ダイアログが表示されます。設定後に [OK] を押すと，プロジェクト編集画面に新規プロジェクトが追加され，反映されます。
二つ以上のプロジェクトを利用する際には，現在どのプロジェクトを編集しているのかを勘違いすると，大変なことになります。
プロジェクト編集画面の左ペインでは，タブとしてリストに含まれるプロジェクトが並び，アクティブなタブに含まれるアイテムがその下のリストビューに表示されるようになっています。必ず設定したいプロジェクトのタブがアクティブになっていることを確認してから，各種設定を行って下さい。もし，今タブがアクティブでないプロジェクトを編集したいときは，該当するプロジェクトのタブをクリックして，そのプロジェクトをアクティブにして下さい。
※ここでいうアクティブとは，プロジェクトリストで言うアクティブプロジェクトではなく，タブがアクティブなプロジェクトを表します。わかりにくいですね…。
なお，いくつかの操作をすると，選択しているタブが元に戻ることがありますので，ご注意下さい。