ユーザーのオプション値を設定し、ブラウザを配布した後も、管理者はそれらのオプション値を管理することができます。マスターの .ins ファイルをサーバーに保存し、ログオンのたびにそれをダウンロードするようにすれば、管理者はユーザーのオプション値の設定を絶えず調整できます。また、既存のログオン スクリプトに結び付けると、管理者は中央のサーバーからユーザーの設定値を管理し、定期的に更新することもできます。
Internet Explorer 管理者キット プロファイル マネージャを使うと、設定ファイルを簡単に管理できます。Internet Explorer 管理者キット プロファイル マネージャでは、任意の .ins ファイルを開いて、プロキシ、スタート ページ、検索ページ、LDAP (Lightweight Directory Access Protocol) といった情報の設定値を変更できます。
インストール後、管理者は、認証リストへの新規認証の追加または削除を実行することにより、認証済み発行者 (およびサイト) をすべてリモートに管理することができます。