Internet Explorer では、Web とデスクトップが統合され、デスクトップやフォルダを Web のように表示したり、操作したりできます。
そのため、ユーザーはブラウザで Web を見るように自分のコンピュータの内部を参照したり、コンピュータ上のほとんどの場所から Web をブラウズしたりできます。[移動] と [お気に入り] のメニューは、どこにでも表示できます。また、株式相場表示などの "アクティブ コンテンツ" をデスクトップ、タスク バー、あるいはフォルダに追加することもできます。さらに、ファイルは、1 回クリックするだけで、開いたり実行したりできます。
Internet Explorer 管理者キットでは、Windows デスクトップのアップデートをブラウザと一緒にインストールするかどうか指定することができます。企業内管理者の方であれば、"自社用のデスクトップ" をセットアップして、Windows デスクトップのアップデートの外観と機能を社内のすべてのコンピュータで統一できます。その際は、自分のコンピュータ上で社内共通の設定値を指定し、それをインポートするだけで済みます。この操作をするためのプロンプトは、ウィザードの段階 4 で表示されます。
また、段階 4 では、マイ コンピュータおよびコントロール パネルをカスタマイズすることもできます。そのため、グラフィックスを追加したり、サポート情報へのリンクなどの有用な情報を追加したりできます。
これらの設定値だけでなく、セキュリティやプロキシに関する設定値の変更も、ユーザーに許可するかどうかを指定できます。これらの設定値の指定は、Internet Explorer 管理者キット ウィザードの段階 5 で行うか、Internet Explorer 管理者キット プロファイル マネージャを使って行います。ブラウザの自動設定機能を使用すれば、プロファイルの制御を以降、継続的に実行することができます。