En 1995-1996, le gouvernement du Québec ordonne des États généraux sur l'Éducation dont le but est de faire le point sur l'état de la situation et de définir les orientations et les besoins du système d'éducation des prochaines années en vue d'une réforme en profondeur du système scolaire du Québec (voir : Module 2, Les États généraux et les principales retombées (1988-1997). Des audiences publiques ont donc lieu dans tout le Québec. Elles sont suivies d'assises régionales et nationales.
La question de la confessionnalité s'avère être un sujet qui préoccupe de plus en plus les milieux de l'éducation et ceux qui mènent une réflexion sur l'évolution de la société québécoise. Tous constatent combien le pluralisme caractérise la société québécoise de ce nouveau millénaire. Les choix moraux et religieux sont plus diversifiés et l'école doit tenir compte de cette pluralité afin de conjuguer identité et pluralité. Ce cadre explique, entre autres, la résurgence du débat entourant les questions de la place de la religion à l'école et de l'ouverture à la diversité.
Sur le thème de la confessionnalité, l'ensemble des participants aux États généraux s'entendent pour demander, en accord avec le rapport du Comité, la création et la mise en place de commissions scolaires linguistiques en remplacement des commissions scolaires confessionnelles.
Ce que les participants aux États généraux souhaitent, c'est la reprise en main, par le milieu et les parents, des valeurs à véhiculer dans les écoles et l'instauration d'une éducation civique et morale de même qu'un enseignement centré sur les aspects socioculturels des religions. Selon eux, une laïcité ouverte et la séparation de l'Église et de l'État pourraient mieux correspondre au scepticisme des étudiants quant à la pertinence de cours magistraux d'enseignement moral et religieux.
En fait, la confessionnalité n'a plus vraiment sa place dans les écoles qui accueillent depuis des dizaines d'années des enfants de différents milieux et de différentes croyances. Obliger les élèves de confession autre que catholique ou protestante à s'intégrer dans un projet éducatif catholique ou protestant va à l'encontre, selon eux, du respect des droits de la personne.
Par ailleurs, le choix d'instaurer des réseaux de commissions scolaires linguistiques plutôt que de permettre la création de commissions scolaires correspondant à d'autres confessionnalités est relié au fait que la multiplication des écoles de confessionnalités différentes entraînerait l'effritement probable de l'école publique commune québécoise, surtout à Montréal où le pourcentage d'immigrants est élevé dans certains quartiers.