Dans le cadre de la Commission parlementaire de l'éducation, tenue à l'automne 1999, une grande consultation a été effectuée autour des recommandations du rapport Proulx. Ainsi, plusieurs points de vue ont été exprimés en 254 mémoires, concernant le statut de l'école et l'urgence de donner une réponse aux exigences pluralistes de la réalité du Québec actuel.
Concernant le statut confessionnel de l'école, de nombreux groupes tels que la Commission des droits de la personne et de la jeunesse, les comités catholique et protestant du Conseil supérieur de l'éducation, l'Association des directeurs généraux des commissions scolaires du Québec et les centrales syndicales, entre autres se sont prononcés en faveur de son abolition dans toutes les écoles publiques. Encore une fois, les arguments s'appuient sur les chartes québécoise et canadienne des droits de la personne.
Par contre, d'autres groupes, (l'Assemblée des évêques du Québec, la Fédération des comités des parents de la province du Québec, la Conférence de la pastorale et la Coalition en faveur des droits des parents à choisir l'école de leur préférence) se sont prononcés en faveur du maintien du statut confessionnel de l'école. L'argumentation repose sur le droit des parents de choisir l'école qui correspond à leurs convictions et à leurs croyances. Selon ces groupes, la dualité confessionnelle catholique et protestante n'est pas oppressante pour les enfants des confessions religieuses minoritaires car ceux-ci peuvent utiliser les clauses dérogatoires pour faire valoir leurs droits acquis.
D'autres groupes ont défendu ou attaqué les écoles à projet particulier de caractère religieux, soit réclamant leur maintien, soit au contraire, en suggérant leur abolition car ils voient un danger de ghettoïsation et donc un risque pouvant compromettre la cohésion sociale.
Malgré la présentation des points de vue fort différents, voire divergents, quelques consensus concernant l'enseignement religieux ont été dégagés de ce débat. Le premier consensus affirme que tous les élèves devraient acquérir une culture religieuse et morale ou éthique, car cela est nécessaire à la vie dans une société pluraliste. L'autre consensus concerne la place de choix que devrait occuper la tradition judéo-chrétienne dans l'enseignement de la religion due à l'importance de la tradition dans l'histoire de la société québécoise.
À propos des structures gouvernementales, plusieurs groupes ont repris les arguments invoqués dans le rapport Proulx afin de recommander l'abolition des structures gouvernementales et ministérielles. Ainsi, ils souhaitent la suppression des comités catholique et protestant et des postes de sous-ministres associés. Ceux qui soutiennent le maintien des structures gouvernementales argumentent en faveur de la conservation d'un lien entre les Églises et l'État, car celui-ci n'a pas toutes les compétences pour gérer les questions d'ordre religieux.
On peut affirmer que les audiences de la Commission de l'éducation autour des recommandations du rapport Proulx rendent compte d'une diversité des points de vue quant à l'enseignement religieux à l'école. Cependant, un consensus se dégage de cette consultation : l'école doit continuer à contribuer au développement d'une société démocratique, libre et pluraliste. Le statu quo est critiqué et tous se montrent ouverts à des changements même si l'unanimité est très difficile.