En 1759-60, lors de la conquête anglaise de la Nouvelle-France, l'Église catholique occupe une position centrale dans le domaine de l'éducation. Au départ, le régime militaire commence par substituer les lois britanniques aux lois françaises, mais les Anglais font rapidement volte-face lorsque les colonies du Sud (futurs États-Unis) démontrent des signes avant-coureurs des affrontements à venir. Les Britanniques conçoivent alors comme un atout le fait de laisser l'Église catholique reprendre plus de pouvoir au Québec (l'Acte de Québec, 1774-1791); la population lui en sera reconnaissante, elle aura moins de raisons de se rallier au mouvement d'opposition qui sévit plus au sud et ils pourront ainsi mettre toutes les chances de leur côté afin que le Canada demeure au sein de la Couronne britannique.
En 1791, le régime de l'Acte constitutionnel divise le Canada en deux provinces: le Bas-Canada (approximativement le territoire actuel du Québec) et le Haut-Canada (approximativement le territoire actuel de l'Ontario). L'isolement des Canadiens français, l'obligation qu'ils ont de se défendre contre les velléités d'assimilation, un clergé rangé auprès du pouvoir politique: tout concourt à renforcer l'idée que l'unique façon de survivre pour le Canada français passe par le rapprochement intime de la langue française et de la religion catholique.
Lorsqu'en 1840, après la révolte des Patriotes des dernières années, l'Angleterre proclame l'Acte d'union qui réunit à nouveau le Bas et le Haut Canada, les Canadiens français perdent beaucoup sur les plans politique et économique. En fait, ils continuent de ne posséder qu'un unique allié de ½pouvoir╗, le clergé catholique.
En 1844, Londres fait d'ailleurs du Bas-Canada une province ecclésiastique. Le nombre d'évêchés passe de deux, en 1844, à dix à la fin du siècle. Malgré cet essor de la religion catholique, le Parlement du Haut et du Bas-Canada vote, le 30 août 1851, une loi qui établit la séparation de l'Église et de l'État, loi qui n'a jamais été abrogée depuis. Cette loi fait du gouvernement du Québec un gouvernement juridiquement laïque, c'est-à-dire neutre en termes de religion. Dans les faits, l'union étroite de l'Église avec la population du Québec s'est longtemps concrétisée par un pouvoir commun de l'Église et du gouvernement.
En 1846, une Loi sur l'instruction publique, sur laquelle repose le système scolaire actuel, est adoptée. Les écoles communes du Bas-Canada sont ainsi confiées à des commissaires d'écoles élus par les propriétaires fonciers de chaque municipalité scolaire.
Il y est également inclus un droit à la dissidence pour toutes les villes du Québec, exception faite des villes de Montréal et de Québec qui, en raison de l'importance relative de la confession religieuse minoritaire au sein de leur population, comptent déjà deux commissions scolaires, l'une catholique et l'autre protestante, auxquelles les écoles peuvent se joindre. C'est ainsi que ce droit à la dissidence permet à une minorité religieuse, demeurant à l'extérieur de Montréal et de Québec, de se doter d'une école élémentaire de confessionnalité protestante ou catholique, et ce, dans la ville qu'elle habite.