Le financement de la FCSQ, qui provient principalement de la cotisation des commissions scolaires, s'élève à 3,21$ par élève, soit 2,88$ attribuables aux activités gérées par la Fédération et 0,33$ destiné aux activités de concertation régionale administrées en région par les commissions scolaires. Les revenus de la cotisation représentent 82% du financement de la FCSQ. Consultez le magazine Savoir du 4 juin 1998 (à la page 4).Au fil des ans, la FCSQ a diversifié ses sources de revenus afin d'éviter d'augmenter la cotisation de façon importante. Ainsi, outre les commandites, elle assure différents contrats de service (notamment pour le perfectionnement et les achats regroupés) qui lui procurent des revenus correspondant à 18% de son budget.