Tout en conservant ses tâches premières de coordination et d'unification, la mission de la Fédération s'est élargie, au fil des ans, pour atteindre deux objectifs principaux : contribuer à promouvoir l'éducation, ainsi que représenter et défendre avec détermination les intérêts des commissions scolaires. Dans son Plan stratégique 2001-2004, la Fédération se donne huit orientations stratégiques. Voici les quatre premières :
La commission scolaire : un palier de gouvernement indispensable et incontournable
Les jeunes : au coeur de notre projet de société
La réforme de l'éducation : pour la réussite de tous et de toutes
La formation professionnelle : une stratégie pour le développement du Québec
Forte de la représentativité des 61 commissions scolaires qu'elle regroupe, soit la totalité des commissions scolaires francophones, la Fédération a développé une force politique qu'elle met au profit de ses membres, notamment par la pertinence des services qu'elle leur offre ainsi que par ses représentations auprès des gouvernements, des autres associations d'éducation et des agents socio-économiques.
La FCSQ est un groupe de pression qui fait valoir les intérêts des commissions scolaires; elle n'est cependant pas au-dessus de ces dernières.