Afin de s'assurer de bien saisir les besoins de la population en matière de formation et d'offrir des services de qualité à leur clientèle, les commissions scolaires profitent d'une structure à deux paliers, l'un politique et l'autre administratif.
Palier politique
La commission scolaire est administrée par un conseil des commissaires composé de commissaires d'écoles élus au suffrage universel, dont le nombre peut varier d'une commission scolaire à une autre, ainsi que de deux commissaires qui représentent le comité de parents des deux ordres d'enseignement primaire et secondaire.
Tous les quatre ans, en vertu de la Loi sur les élections scolaires, les électrices et les électeurs sont appelés à élire le ou la commissaire d'écoles de leur quartier qui formera le Conseil des commissaires. Les commissaires scolaires ont pour mandat d'administrer la commission scolaire et de s'assurer que les services qu'elle rend répondent efficacement aux besoins de formation de la population. En tant qu'élus, ces commissaires d'écoles doivent donc rendre des comptes à leurs concitoyennes et à leurs concitoyens puis au ministre de l'Éducation sur les réalisations et les activités de la commission scolaire. Dans la foulée de la création des commissions scolaires linguistiques, l'Assemblée nationale a adopté le 6 décembre 2001 le projet de loi 59 afin de reporter la date de la prochaine élection scolaire générale au 16 novembre 2003 et pour permettre aux commissions scolaires de procéder à une division mieux équilibrée des circonscriptions électorales. Par la suite, le 6 juin 2002, l'Assemblée nationale adoptait le projet de loi 66 Loi modifiant la loi sur les élections scolaires, fixant la date du scrutin scolaire au premier dimanche de novembre. Le projet de loi précise et complète ½les règles régissant le processus électoral applicables à l'élection des commissaires des commissions scolaires╗.
Cependant, c'est la Loi sur l'instruction publique qui fixe les règles de fonctionnement du Conseil des commissaires (LIP, chap. 5, Section III). Ainsi, dès leur première réunion après les élections, les membres du conseil des commissaires procèdent à l'élection de la présidente ou du président et de la vice-présidente ou du vice-président de la commission scolaire. En plus de présider les assemblées, la présidente ou le président est, dans plusieurs milieux, un intervenant local d'importance qui doit répondre publiquement des actions de la commission scolaire et effectuer des représentations politiques. C'est aux réunions du conseil des commissaires que se prennent les décisions relatives à l'administration de la commission scolaire et à la prestation des services de formation à la population. (Voici à titre d'exemple, deux fac-similés : l'un d'un ordre du jour d'une assemblée régulière et l'autre d'un compte rendu d'une assemblée régulière). Ces décisions sont ensuite transmises à la direction générale qui voit à leur application. Les réunions du conseil des commissaires sont publiques et donc ouvertes à tous les citoyens du district scolaire.
En outre, la Loi sur l'instruction publique prévoit que le conseil des commissaires institue un comité exécutif composé de 5 à 7 de ses membres ayant le droit de vote, dont le président de la commission scolaire et tout commissaire représentant le comité de parents. Ce comité doit assumer les responsabilités que lui délègue le Conseil des commissaires. Le directeur général de la commission scolaire participe aux réunions du comité exécutif, mais sans droit de vote. (LIP, chap. 5, section IV).
La Loi sur l'instruction publique prévoit également la création de divers comités consultatifs au sein de la commission scolaire. Ces comités sont également composés de commissaires d'écoles auxquels peuvent s'ajouter des membres du personnel de la commission scolaire ainsi que des représentantes et des représentants des parents. Il s'agit:
du Comité consultatif de gestion;
du Comité consultatif des services aux élèves handicapés et aux élèves en difficulté d'adaptation et d'apprentissage;
du Comité consultatif du transport;
du Comité de parents. (LIP, chap. 5, section IV).
Il est à noter, que le Projet de loi no 88 présenté par la Ministre, vise à modifier la Loi sur l'instruction publique et la Loi sur les élections scolaires afin d'instaurer diverses mesures concernant la gouvernance des commissions scolaires. Ce projet de loi prévoit notamment:
que conseil d'une commission scolaire, tout en étant formé d'un nombre moindre de commissaires, sera composé d'un plus grand nombre de représentants de parents et de personnes nommées par cooptation;
que le président de la commission scolaire sera dorénavant élu par l'ensemble des électeurs de la commission scolaire;
de nouvelles règles en matière de reddition de compte;
des précisions quant à la mission de la commission scolaire, les responsabilités qui incombent aux commissaires ainsi que les règles qui régissent les rapports entre la commission scolaire et les conseils d'établissement;
que la commission scolaire devra établir une procédure d'examen des plaintes formulées par les élèves ou leurs parents;
qu'il ne sera plus possible, pour une commission scolaire, de conclure un contrat d'association avec un établissement d'enseignement privé et, conséquemment, pour ce dernier, de bénéficier des avantages accordés aux écoles publiques.
Palier administratif
Afin de concrétiser les décisions et les orientations prises par le conseil des commissaires, les élus scolaires peuvent compter sur une structure administrative, placée sous l'autorité de la direction générale de la commission scolaire. Cette structure regroupe des gestionnaires, des membres du personnel professionnel, des enseignants et du personnel de soutien. Ceux-ci ont pour principal mandat d'assister les écoles et les centres de formation dans leur prestation de services à la population.