Linux es infinitamente más estable y hay numerosos ejemplos e historias en la red de servidores funcionando sin interrupción durante más de un año. La estabilidad de Linux es decididamente una de sus mayores fortalezas, mientras que la estabilidad de Windows NT es una de sus mayores debilidades, algo que es continuamente explotado sin ninguna piedad por parte de los humoristas.

En cuanto a la velocidad y mejor uso de recursos, se considera que Linux es más rápido que Microsoft NT. Sin embargo, hay algunos benchmarks realizados y publicados (en particular por Mindcraft) que demuestran la superioridad de Windows NT 4.0 sobre Linux Red Hat 5.2. A pesar de la gran controversia suscitada por la publicación de estos benchmarks y de las numerosas acusaciones de configuración fraudulenta, lo cierto es que un segundo benchmark, auditado por PCWeek y realizado con la colaboración, tanto de Microsoft para realizar el ajuste de Windows NT como por Red Hat para realizar el ajuste de Linux, confirmaron los primeros resultados, poniendo en entredicho la velocidad de ejecución de Linux. Como en todas las pruebas de rendimiento y velocidad, hay que tener un poco de cuidado al interpretarlas, ya que se corre el riesgo de comparar peras con manzanas.

En el caso de este benchmark, la configuración de ordenador (multiprocesador de cuatro procesadores, 1 Giga de memoria) estaba en contra de Linux, ya que la versión de RedHat 5.2 tenía un kernel que no estaba preparado para multiprocesador. Aunque para la realización de las pruebas se instaló otro kernel más moderno, casi en su versión beta no es comparable al kernel de NT que lleva preparado y optimizado para multiproceso simétrico desde hace varios años. Sin embargo, ya ha salido a la calle nuevas versiones de Linux (Red Hat 6.0) con un kernel más optimizado para ordenadores de hasta cuatro procesadores, mientras que Windows NT sigue estando en la versión 4.0, por lo que habrá que esperar a la realización de nuevos benchmarks para ratificar los resultados. Hay que hacer notar también que en este test, Linux se configuró para usar Samba, que permite a un servidor Linux actuar como un servidor de ficheros NT y un controlador de dominios NT con lo que estaba simulando ser un servidor NT. Evidentemente, NT no tenía que simular nada. No hay todavía ningún test publicado y auditado que permita comparar velocidades entre NT y Linux actuando éste como servidor de ficheros UNIX (que es el modo nativo para Linux) y no como servidor de ficheros NT. Sin embargo, en otras pruebas donde se compara la velocidad de algunas aplicaciones como Netscape en ordenadores de un solo procesador Linux se muestra superior a Windows NT.

En el documento Halloween 2 se hace referencia a uno de estos tests realizados internamente dentro de Microsoft, probando velocidad nativa, y las diferencias favorecen a Linux.

Uno de los grandes peligros que teme Microsoft con la introducción de Linux es perder parte del mercado de los servidores ligeros, consistentes en su mayoría en ordenadores de uno o dos procesadores actuando como servidores Web, servidores de correo, servidores de impresión o servidores de ficheros. Microsoft tiene grandes esperanzas puestas en Windows NT para competir en el mercado de los grandes servidores UNIX, pero mientras le llega la oportunidad de ser un competidor en ese área, disponía de una sólida posición en el mercado de los servidores de gama baja debido a su precio competitivo frente a UNIX. Es irónico que Microsoft sea batido utilizando la misma estrategia suya, guerra de precios, puesto que le va a ser difícil competir en precios contra un sistema operativo gratis.