rsync benutzt den speziellen "rsync Algorithmus", der eine sehr schnelle Methode bietet, um über langsame Verbindungen Dateien abzugleichen. Es werden nur die Unterschiede in den Dateien übertragen, ohne daß auf einem der Hosts beide Versionen verfügbar sein müssen. Dies wirkt auf dem ersten Blick unmöglich, da für die Erstellung eines Diff-Files normalerweise beider Versionen vorhanden sein müssen.
Eine technische Beschreibung des Algorithmus befindet sich im Paket.