Ci sono situazioni dove BatChmod non può cambiare privilegi di alcuni archivi. Ad esempio, se un archivio è impostato come immutabile, nessuno potrà modifcarlo in qualche modo, e BatChmod non è esente da ciò.
In più, se alcuni archivi sono bloccati (Icone con lucchetto) e non si seleziona l'opzione Sblocca, BatChmod non riporterà alcun errore. Questo è dato dalla natura dei comandi Unix che BatChmod usa, per la quale è complesso averne delle risposte.
Quando si applicano i privilegi ad archivi e cartelle, non sempre il Finder si aggiorna immediatamente. Nonostante dovrebbe rispettare i nuovi privilegi, può avere ancora in memoria vecchie icone e privilegi. Uscendo dall'utenza e rientrando dovrebbe riparare tale inconvenienza (Log out/in).