再生時で、問題が起きているようです。私のところではおきないのですが、 PCによっては起こるようです。で、その解決方法。
とりあえず、通常の状態は、設定->再生で、タイマーを独自タイマー、優先度は高いもしくは普通です。
この状態で問題が起こる(ウィンドウが操作を受け付けなくなる)なら再生にてタイマーの優先度を 低いに設定してください。ただ多少描画が遅れたりするかもしれません。
それでもだめな場合、タイマーをWinタイマーに設定してみてください。この場合、スペアナ レベルメーターは使用しませんが、その分安定するかもしれません。
また、β0.782にて、Cpu使用率が高いときに自動的にスキップをつけました。システムモニターを同じに使用することで 機能しますが、一時的に強制的にスペアナ、レベルメーターを更新しません。(あんまり意味ないかも。Win95/98のみ。
ところで、システムリソースがどんどん食われてしまうという原因ですが、以下のように推測しています。
タイマー使用時には、メインのメッセージを処理する前に、スペアナ、レベルメーターを処理している とおもわれます。すると、まだメインの処理が終わっていないうちに次のスペアナ等の処理が おこなわれてしまうと、メインのメッセージを処理できません。そのため、どんどんメインのメッセージ はためられていくのでシステムリソースも食われていくと思われます。